Jorge Alexander Duitama Castellanos

Grupo:: Research Group:

TICSw-Tecnologías de Información y Construcción de Software

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Oficina: Office: ML 622

Correo: Email:

Extensión: Extension: 1686

Ingeniería de sistemas y computación, Universidad de los Andes, Colombia
Magíster en ingeniería de sistemas y computación. Universidad de los Andes, Colombia
Ph.D. en ciencias de computación e ingeniería, University of Connecticut, Estados Unidos

Intereses y líneas de Investigación:

Bioinformática

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TICSw-Tecnologías de Información y Construcción de Software

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A graph clustering algorithm for detection and genotyping of structural variants from long reads Artículo

2024

Gaitan N, Duitama J. (2024) A graph clustering algorithm for detection and genotyping of structural variants from long reads. GigaScience (ISSN 2047-217X) 13 (1), pp. 1-1. - 2024
A phased genome assembly of a Colombian Trypanosoma cruzi TcI strain and the evolution of gene families Artículo

2024

Hoyos M, Duitama J. (2024) A phased genome assembly of a Colombian Trypanosoma cruzi TcI strain and the evolution of gene families. SCIENTIFIC REPORTS (ISSN 2045-2322) 14 (1), pp. 2054-2054. - 2024
FlavorMiner: a machine learning platform for extracting molecular flavor profiles from structural data Artículo

2024

Herrera-rocha F, Fernandez-niño M, Duitama J, Cala M, Chica M, Wessjohann L, Davari M, Gonzalez A. (2024) FlavorMiner: a machine learning platform for extracting molecular flavor profiles from structural data. Journal of Cheminformatics (ISSN 1758-2946) 16 (1), pp. 140-140. - 2024
Genetic diversity of Anadara tuberculosa in two localities of the Colombian Pacific Coast Artículo

2024

Fuentes L, Guevara-Suarez M, Zambrano M, Jimenez P, Duitama J, Restrepo S. (2024) Genetic diversity of Anadara tuberculosa in two localities of the Colombian Pacific Coast. SCIENTIFIC REPORTS (ISSN 2045-2322) 14 (1), pp. 28467-28467. - 2024
Integration of a web-based Magnetic Resonance Imaging visualization tool Tesis

2024

.(2024). Integration of a web-based Magnetic Resonance Imaging visualization tool. Trabajo Dirigido por: Duitama J, Garces K - 2024
Phylogenomic approaches reveal a robust time-scale phylogeny of the Terminal Fusarium Clade Artículo

2024

Lizcano A, Duitama J, Restrepo S, Celis Ramírez AM. (2024) Phylogenomic approaches reveal a robust time-scale phylogeny of the Terminal Fusarium Clade. IMA Fungus (ISSN 2210-6340) 15 (1), pp. 13-13. - 2024
QTL mapping for pod quality and yield traits in snap bean (Phaseolus vulgaris L.) Artículo

2024

Njau S, Parker T, Duitama J, Gepts P, Arunga E. (2024) QTL mapping for pod quality and yield traits in snap bean (Phaseolus vulgaris L.). Frontiers in Plant Science (ISSN 1664-462X) 15 (1), pp. 1422957-1422957. - 2024
Rapid evolutionary tuning of endospore quantity versus quality trade-off via a phase-variable contingency locus Artículo

2024

Khanal S, Bäcker L, Lood C, Kerremans A, Gorivale S, Begyn K, Cambre A, Rajkovic A, Devlieghere F, Heyndrickx M, Michiels C, Duitama J, Aertsen A. (2024) Rapid evolutionary tuning of endospore quantity versus quality trade-off via a phase-variable contingency locus. Current Biology (ISSN 0960-9822) 34 (14), pp. 3077-3085. - 2024
Ruta de la innovación 2.0: Visita de Incauca Evento

2024

Villegas-Torres MF, Gonzalez A, Duitama J, Velasco J, Bernal A.(2024). Ruta de la innovación 2.0: Visita de Incauca. - 2024
vCSF Danger-associated Molecular Patterns After Traumatic and Nontraumatic Acute Brain Injury: A Prospective Study Artículo

2024

Duitama J, Bautista E. (2024) vCSF Danger-associated Molecular Patterns After Traumatic and Nontraumatic Acute Brain Injury: A Prospective Study. Journal of Neurosurgical Anesthesiology (ISSN 0898-4921) 36 (3), pp. 252-257. - 2024
Breast cancer diagnosis and prognosis improvement based on a complete gene expression profile and ancestry Tesis

2023

.(2023). Breast cancer diagnosis and prognosis improvement based on a complete gene expression profile and ancestry. Trabajo Dirigido por: Duitama J - 2023
Draft genome assembly of a domesticated Andean Lima bean accession Tesis

2023

.(2023). Draft genome assembly of a domesticated Andean Lima bean accession. Trabajo Dirigido por: Reyes A, Duitama J - 2023
Efficient homology-based annotation of transposable elements using minimizers Artículo

2023

Gonzalez-Garcia L, Lozano-Arce D, Londoño J, Guyot R, Duitama J. (2023) Efficient homology-based annotation of transposable elements using minimizers. Applications in Plant Sciences (ISSN 2168-0450) 11 (4), pp. 11520-11520. - 2023
Genome-Scale Metabolic Reconstruction of the Phaseolus Genus: Insights into Cyanogenesis Metabolism Tesis

2023

.(2023). Genome-Scale Metabolic Reconstruction of the Phaseolus Genus: Insights into Cyanogenesis Metabolism. Trabajo Dirigido por: Duitama J - 2023
International Lima Bean Network: from the origin of the species to modern plant breeding Artículo

2023

Duitama J. (2023) International Lima Bean Network: from the origin of the species to modern plant breeding. Genetic Resources and Crop Evolution (ISSN 0925-9864) 70 (6), pp. 1575-1583. - 2023
Machine learning and software development to aid diagnosis of refractory epilepsy Tesis

2023

.(2023). Machine learning and software development to aid diagnosis of refractory epilepsy. Trabajo Dirigido por: Duitama J, Garces K - 2023
NGSEP 4: Efficient and accurate identification of orthogroups and whole-genome alignment Artículo

2023

Tello D, Gonzalez-Garcia L, Gomez J, Zuluaga-monares J, Garcia R, Angel R, Mahecha D, Duarte E, Rosario M, Reyes F, Escobar-vel�squez C, Linares-Vásquez M, N. Cardozo, Duitama J. (2023) NGSEP 4: Efficient and accurate identification of orthogroups and whole-genome alignment. Molecular Ecology Resources (ISSN 1755-0998) 23 (3), pp. 712-724. - 2023
New algorithms for accurate and efficient de novo genome assembly from long DNA sequencing reads Artículo

2023

Gonzalez-Garcia L, Guevara F, Lozano-Arce D, Gil J, Diaz J, Duarte E, Andrade G, Bojaca J, Hoyos M, Chavarro C, Guayazan N, Chica L, Buitrago M, Bautista E, Trujillo M, Duitama J. (2023) New algorithms for accurate and efficient de novo genome assembly from long DNA sequencing reads. Life Science Alliance (ISSN 2575-1077) 6 (5), pp. 1-1. - 2023
Omics approaches to understand cocoa processing and chocolate flavor development: A review Artículo

2023

Gonzalez A, Duitama J, Mónica P. Cala. (2023) Omics approaches to understand cocoa processing and chocolate flavor development: A review. Food Research International (ISSN 0963-9969) 165 (1), pp. 1-29. - 2023

2016-20

ALGORIT.BIOLOGIA COMPUTACIONAL

ALGORITMICA Y PROGR. OBJ. I

2017-10

ESTADISTICA BIOLOGIA COMPUTAC.

ALGORITMICA Y PROGR. OBJ. I

FUNDAM.PROG. CIENCIAS BIOLOGIC

2017-19

DISEÑO Y ANALISIS DE ALGORI.

2017-20

ALGORIT.BIOLOGIA COMPUTACIONAL

DISEÑO Y ANALISIS DE ALGORI.

2018-10

MATEMÁTICA ESTRUCTURAL Y LÓGIC

DISEÑO Y ANALISIS DE ALGORI.

FUNDAM.PROG. CIENCIAS BIOLOGIC

2018-20

DISEÑO Y ANALISIS DE ALGORI.

ANALISIS DATOS GENOMICA POBLAC

ALGORIT.BIOLOGIA COMPUTACIONAL

2019-10

FUNDAM.PROG. CIENCIAS BIOLOGIC

ALGORITMICA Y PROGR. OBJ. I

DISEÑO Y ANALISIS DE ALGORI.

2019-20

DISEÑO Y ANALISIS DE ALGORI.

ALGORIT.BIOLOGIA COMPUTACIONAL

ALGORITMICA Y PROGR. OBJ. I

2020-10

FUNDAM.PROG. CIENCIAS BIOLOGIC

INTRODUCCIÓN A LA PROGRAMACIÓN

DISEÑO Y ANÁLISIS DE ALGORI.

2020-20

POYECTO DE PROFUNDIZACIÓN

INTRODUCCIÓN A LA PROGRAMACIÓN

DISEÑO Y ANÁLISIS DE ALGORI.

ALGORIT.BIOLOGIA COMPUTACIONAL

2021-10

DISEÑO Y ANÁLISIS DE ALGORI.

ESTADISTICA BIOLOGIA COMPUTAC.

POYECTO DE PROFUNDIZACIÓN

2021-20

ALGORIT.BIOLOGIA COMPUTACIONAL

DISEÑO Y ANÁLISIS DE ALGORI.

POYECTO DE PROFUNDIZACIÓN

2022-10

DISEÑO Y ANÁLISIS DE ALGORI.

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ANÁLISIS DE ALGORITMOS

POYECTO DE PROFUNDIZACIÓN

ESTADISTICA BIOLOGIA COMPUTAC.

2022-20

DISEÑO Y ANÁLISIS DE ALGORI.

PROYECTO DE GRADO

MATEMÁTICA ESTRUCTURAL Y LÓGIC

ALGORIT.BIOLOGIA COMPUTACIONAL

2023-10

DISEÑO Y ANÁLISIS DE ALGORI.

ESTADISTICA BIOLOGIA COMPUTAC.

PROYECTO DE GRADO

2023-20

ANÁLISIS DE ALGORITMOS

DISEÑO Y ANÁLISIS DE ALGORI.

ALGORIT.BIOLOGIA COMPUTACIONAL

PROYECTO DE GRADO

POYECTO DE PROFUNDIZACIÓN

2024-10

PROYECTO DE GRADO

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DISEÑO Y ANÁLISIS DE ALGORI.

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2024-20

ALGORIT.BIOLOGIA COMPUTACIONAL

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2025-10

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